最近，刊登在国际杂志The Journal of Chemical Physics上的一篇研究报告中，来自美国温安洛研究所的研究人员通过研究开发出了一种名为fABMACS的计算机工具，该工具能够超越对蛋白质的静态成像，而且能够帮助研究者有效理解这些分子的功能，从而或将加速药物的开发过程。

        蛋白质是细胞中的主力分子，其携带着遗传代码所赋予的指令（功能），而且蛋白质的形状在功能决定以及同其它分子相互作用上扮演着重要的角色，对这些相互作用进行研究或将帮助研究者深入探索蛋白质的功能并且开发出针对多种类型疾病的靶向性疗法。研究者Bradley Dickson指出，靶向药物设计的目标就是开发出一种能够同蛋白质发生特异性相互作用的分子，而这往往需要对蛋白质-药物之间的相互作用进行详细描述。

       新型工具fABMACS的开发就是研究者们向新型药物开发迈出的重要一步，因为其能够帮助研究者节省时间和金钱，同时还能够帮助研究者有效利用当前的软件来预测潜在药物同蛋白质相互作用的方式。科学家们通常会基于对蛋白质的不同快照影像来确定蛋白质同潜在药物相互作用的机制，然而这些图像是静态的，而且并不能描述出蛋白质形状发生的改变。研究者Rothbart说道，这些静态图像就为我们利用fABMACS工具深入研究提供了重要的线索，fABMACS能够让我们模拟药物发生的化学改变，同时快速预测这些改变如何影响药物同靶向蛋白之间的相互作用，最终这就能帮助我们改善对药物的设计和开发的思路。

       为了阐明fABMACS工具的能力，研究者在血液癌症1期临床试验中对表观调节蛋白BRD4同特殊药物之间的相互租用进行了多次计算机的模拟研究，结果研究者发现，化合物化学结构的轻微改变就能够改善同靶向蛋白的结合，从而改善其作用效率。

       fABMACS工具是当前分子动力学软件的强化版本，其是基于GROMACSv5.0.5而开发出来的，同时还优化了网路通信和负载平衡，这样就能够帮助研究者完成更多的工作量；同时fABMACS中还内置有特殊的配置工具，这些配置工具能够使得代码匹配不同的应用软件，而且并不需要用户对代码进行手动编辑，这样就增加了该工具的可转移性。

转载自生物谷